| 实验室依托的中国科学院植物研究所以“整合植物学”为学科定位, 围绕系统与进化、生态环境、现代农业和植物资源的科学利用等问题，从分子、细胞、个体、群体和生态系统等不同层次开展研究。在中国科学院、国家自然科学基金委员会和科技部的大力支持下，实验室已发展成极富特色的系统与进化植物学研究和人才培养基地，同时也是植物研究所最有基础、积累最多、最具优势和重点发展的学科之一。
实验室利用我国生物种类丰富、特有类群众多、地理和区域环境特殊等优势，在系统与进化生物学研究领域中进一步开展重大基础理论研究，发挥国家重点实验室多学科综合研究的特色和优势，综合系统学、基因组学、发育生物学、生态学、生物信息学等学科手段，开展植物物种多样性起源和变化、系统发育重建和进化机制的研究；取得具有国际影响的原创性和前瞻性研究成果，培养该领域的高层次人才。与此同时，积极配合国家经济发展目标，解决我国农作物和经济植物遗传改良以及生物多样性保护和可持续利用中存在的理论问题，为国民经济的发展做出应有的贡献。
发展目标
实验室力争在植物进化生物学领域做出系统的、具有重要国际影响的原创性成果，建立和完善植物分类系统以及物种和资源信息库，为国家植物资源和生物多样性的保护与持续利用提供科学依据和理论指导。通过五至十年的努力，使实验室成为国际植物进化生物学研究的中心之一，造就一批该领域的国际知名学者和优秀人才。同时，大幅度增加植物标本的数量和区域代表性，力争将标本馆建成世界十大植物标本馆之一。
研究方向
实验室以基础研究为主，同时面向国家战略需求，研究植物多样性的式样、形成和变化，重建植物生命之树，揭示植物的进化机制，为农作物和经济植物的遗传改良及生物多样性保护和可持续利用提供理论指导，培养该领域的高层次人才。主要研究方向包括：(1)植物分类与资源保护和利用；(2) 植物系统发育和生物地理学；(3) 适应性进化和保护遗传学；(4) 进化发育与基因组学。
主要研究内容
（1）植物分类与资源保护和利用：对中国及周边国家的植物物种多样性进行调查和研究，编撰植物志书，并对重要类群进行分类学修订；建立植物资源数据库和地理信息管理系统及物种快速鉴定体系，为生物多样性的保护和资源的挖掘与利用提供指导和科学支撑。
（2）生命之树重建和生命现象的进化：研究植物各大门类的起源和进化历史，重建植物生命之树，为植物生命现象的研究提供理论框架；揭示重要植物类群的地理分布格局、形成过程以及生物和非生物成因；探讨植物系统发育重建的基本原理和方法，完善现行分类系统。
（3）适应性进化和保护遗传学：研究植物的遗传变异和分化及其与环境的关系，揭示物种形成的式样和机制，探讨适应性进化的分子机理；研究生物种间互作，揭示协同进化的机理；开展濒危植物和资源植物的保护遗传学研究，探讨物种濒危机制和保护策略。
（4）进化发育与基因组学：研究植物器官和结构的起源、变异和发育机理，揭示关键性状的进化机制；研究植物基因组的结构、功能和进化，探讨重要基因家族的起源、分化及其功能意义，揭示表型、基因与环境之间的相互关系及其进化机制. |
