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《同济大学学报》的前身可追述到1918年。当时的私立同济医工专门学校在校长阮尚介的提议下编辑出版了学校的第一本学报《同济》，为双月刊，黄胜白任总编辑。《同济》全册分为三个部分：第一部分为内篇，“皆极新学术，所以供专家攻研者，其选材说理不厌高深”；第二部分为外篇，“凡其所说，但求可行，不为高论”，供一般国民阅读；第三部分为杂篇，包括记事、书信及新书介绍等。这本刊物出版后，被国内有关学者誉为“吾济之理想杂志”。在这之后，学校又先后出版过《自觉月刊》、《同济杂志》、《同济医学月刊》等多种学术性刊物。
新中国成立后，同济大学于1956年开始编辑出版《同济大学学报》，为自然科学综合性学术期刊，季刊，16开本，1966年被迫停刊，1978年复刊，1995年起改为双月刊，1997年改名为《同济大学学报（自然科学版）》，1998年起改为大16开本，2001年起改为月刊。
学报自1956年至2001年底，已出版发行了29卷共166期，发表论文3800余篇。1980年经国家科委批准，向国内外公开发行，除国内有大量的长期订户外，还通过中国国际书店向国外发行。学报不仅和有关大专院校、科研单位、情报机构建立长期交流关系，而且还通过学校图书馆与德国、日本、美国等国以及香港地区的多所大学建立了交流关系。