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《福州大学学报》创刊于1961年，当时为不定期内部刊物。至1966年停刊止，共出刊8期，刊发论文87篇。1978年复刊，并刊发了复刊词，但仍为不定期内部刊物。1982年，学报经有关主管部门批准，作为正式期刊（季刊）公开出版发行。1985年，《福州大学学报》更名为《福州大学学报（自然科学版）》（以下简称学报）。1993年，学报转为双月刊。截止2005年年末，《福州大学学报（自然科学版）》共出刊33卷，146期，发表论文3714篇。
创刊40多年来，经过学校历届各级领导与教师员工的共同努力，学报的各项工作都得到较好发展，影响与作用也日益扩大。目前，学报已被《中国科学引文数据库》、《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国科技论文统计与分析》作为来源期刊，还被《化学文摘》（CA）、《数学评论》（MR）、《数学文摘》（ZBl MATH）、《文摘杂志》（AJ）、《剑桥科学文摘：材料信息》（CSA：MI)、《中国数学文摘》、《中国物理文摘》、《中国生物学文摘》、《中国力学文摘》、《中国化学化工文摘》、《中国无线电电子学文摘》、《分析化学文摘》等重要文献系统所收录与转引。学报在历次有关的优秀期刊评比活动中都获得较好成绩：在1989、1995、1999年三次获福建省高校优秀自然科学学报一等奖； 1992、1996年分别获福建省优秀科技期刊二等奖、三等奖；1993年获华东地区优秀期刊三等奖；1989、1995、1999年分别获全国高校优秀自然科学学报三等奖、二等奖、一等奖。2004年在全国高校优秀科技期刊的评比中再获一等奖。
目前，学报以刊载我校在数学、计算机、信息、物理、电子、电气、无线电、自动控制、机械、材料、土木建筑、化学、化工、轻工、生物、资源、环保等学科的最新研究成果为主，并将继续以更及时、更准确、更有效的方式将我校的最新成果奉献给广大读者。
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