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《植物分类学报》于1951年创办。其前身为以下四种刊物：《静生生物调查所汇报》、《国立北平研究院植物学研究所丛刊》、《国立中央研究院植物汇报》、《中国科学社生物研究所植物部论文丛刊》。《植物分类学报》是我国生物学科历史最悠久的核心期刊，代表了我国植物分类学领域的最高学术水平，在国内外有深远的影响。现 为双月刊。中国科学院植物研究所和中国植物学会主办、中国科学院植物研究所和深圳仙湖植物园承办。
《植物分类学报》报道以植物分类、植物系统发育和进化为核心内容的多学科的研究成果，包括分类修订和新分类群、物种生物学、细胞分类学、化学分类学、分子系统学、分支系统学、数量分类学、居群生物学、保护生物学和植物地理学方面的研究论文、研究简报，有引导作用的综合性评述及一些热点问题的讨论。所刊登的内容是生命科学各学科及农业、林业、医药、轻工及环境保护(包括生物多样性和保护生物学研究)和资源开发利用等行业有关学科的基础。《植物分类学报》是从事这些学科工作的必备参考刊物。
据不完全统计，本刊被国际上13种、国内10种重要检索系统收录，发行到40多个国家或地区。
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