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《长江科学院院报》是经国家科学技术部批准、水利部主管、长江科学院主办的应用科学型学术性刊物。每逢双月1日出版，向国内外公开发行。主要报道水（利）科学在长江流域水利水电事业中的发展和应用，包括水（利）科学应用基础理论研究成果及学科进展、长江流域大中型水利水电工程（如三峡工程、南水北调工程等）研究项目的重要科研成果及实践经验总结，以及新理论、新技术、新材料、新设备、新方法及其应用，还适当刊登其他流域大中型水利水电工程的科研成果及国外有关科学技术的新成就和发展动向。
主要栏目有：防洪减灾、江湖泥沙与治理、水资源与环境、水土保持与生态建设、工程安全与病害防治（包括工程勘测与安全监测）、信息技术应用、岩土力学、工程水力学、水工结构与材料、水利经济、水工仪器设备、科技简报等。本刊以理论研究与实际工程密切结合为主要特色，专业面广，实用性强。
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